O período do Regime Militar (1964-1985) suscita sempre novos questionamentos, embora muitos documentos ainda não estejam totalmente disponíveis, o assunto exige dos pesquisadores e

Com o discurso de desenvolvimento industrial para o Estado, Virgílio criou o Plano de Metas Governamentais (Plameg), o Banco do Estado do Ceará (BEC), a Companhia das Docas e a Secretaria de Planejamento (Seplan).

Rebelou-se contra o Golpe Militar por ter boas relações com o presidente João Goulart. Com isso, foi deposto em 1966 e impedido de ocupar qualquer outro cargo público.

Criou o “Trem da Alegria”, que eram as nomeações de apadrinhados políticos sem concurso público estadual. Ao contrário de seus aliados políticos, privou pela manutenção e fortalecimento da economia agroexportadora no Ceará.

Ao final de seu governo, fez um grande acordo com os jovens empresários do Ceará e acabou apoiando Tasso Jereissati para o Governo do Ceará e saiu candidato ao senado com o apoio do Galego. Tasso venceu as eleições, mas Virgílio foi derrotado e se afastou da política local.