Quanto à coesão, à regência, à concordância, à grafia e ao emprego de tempos e modos verbais, está correta a alternativa:

A empresa que a instituição mantia parceria a anos discordou de alguns procedimentos por esta adotados e suspendeu o convênio.

A empresa na qual a instituição mantinha parceria há anos discordou de alguns procedimentos por aquela adotado e suspendeu o convênio.

A empresa com que a instituição mantinha parceria há anos discordou de alguns procedimentos por esta adotados e suspendeu o convênio.

A empresa no qual a instituição mantia parceria a anos discordou de alguns procedimentos por aquela adotado e suspendeu o convênio.

A empresa que a instituição mantinha parceria há anos discordou de alguns procedimentos por esta adotados e suspendeu o convênio.