Em 1591 desembarcava em Salvador o licenciado Heitor Furtado de Mendonça, com poderes delegados pelo Tribunal do Santo Ofício de Portugal. Em suma, sua visita e de demais membros d

O Tribunal do Santo Ofício e sua atividade nos domínios portugueses ultramar pode ser concebido como uma forma de expressão do padroado, constituindo-se como um braço religioso em termos de colonialismo.

Pouco mais de 300 pessoas foram condenadas pelo Tribunal no Brasil e apenas uma foi condenada à morte, demonstrando que a estrutura da instituição tinha dificuldades de funcionar, sendo assim, ela foi extinta já no começo do século XVII.

Em geral, os inquisidores do Tribunal do Santo Ofício no Brasil atestaram pecados como o de blasfêmia e infração litúrgica, não encontrando nenhuma prática judaica, já que os judeus não migraram para o Brasil neste período.

A atuação dos padres jesuítas, além da catequese, também se estendeu para inquirição dos pecados dos colonos, exemplo disso foi a instauração do Tribunal do Santo Ofício no Brasil.