De acordo com a Constituição Federal, constitui finalidade do sistema de controle interno integrado entre os Poderes Legislativo, Executivo e Judiciário:

Avaliar o cumprimento das metas previstas na lei de diretrizes orçamentárias.

Avaliar os órgãos e entidades da administração federal e executar os programas de governo e dos orçamentos da União.

Dar ciência ao Tribunal de Contas da União ao tomarem conhecimento de qualquer irregularidade ou ilegalidade, sob pena de responsabilidade solidária dos responsáveis.

Exercer o controle das operações de crédito, avais e garantias, bem como dos direitos e haveres dos órgãos da administração pública e privada dos entes políticos.