O princípio institucional da independência funcional, previsto no art. 127, da Constituição Federal de 1988, assegura, de forma resumida:

Que os membros da instituição não se vinculam aos processos nos quais atuam, podendo ser substituídos uns pelos outros.

Que cada membro tem autonomia no exercício de suas funções, apenas se sujeitando ao entendimento superior do Procurador-Geral de Justiça, que pode rever os atos praticados.

Que cada membro tem autonomia no exercício de suas funções, não se sujeitando a ordens nem mesmo de superiores hierárquicos, podendo, portanto, emitir sua convicção pessoal acerca do caso que é por ele analisado.

Que todos os membros integram um só órgão, sob a direção de um só chefe.