Na Idade Moderna, as relações entre as monarquias europeias e a Igreja Católica foram fundamentais para a construção dos Estados que emergiram nos séculos posteriores. Sobre isso,

o sistema de padroado, através do qual o Papa Urbano II (na bula inter gravíssimas, do ano de 1493) delegou atribuições religiosas a monarcas como o português, fez parte do processo de afirmação do reino ibérico sobre os demais, o que provocou a indignação nas demais monarquias europeias.

apesar dos jesuítas desfrutarem de aceitação e apoio entre os colonizadores, como os das regiões do Maranhão e do Pará, pela sua importante obra de pacificação dos povos indígenas jês e aruaks, em outras partes foram hostilizados, como no território de São Paulo, região em que os colonizadores buscavam reduzir as missões a fornecedoras de trabalhadores escravos.

o clero católico nas colônias portuguesas da América estava sob o controle da Coroa, à exceção da ordem jesuítica, financeiramente independente e vinculada diretamente a Roma, o que foi despertando crescente preocupação, à administração portuguesa, de que no futuro pudessem surgir áreas autônomas e não sujeitas à intervenção da Coroa.

os esporádicos sucessos missionários dos padres Vieira e Anchieta, bem como a grandiloquência das epístolas de ambos, que se tornaram marcos da literatura brasileira, encobrem as dificuldades encontradas na obra de evangelização dos autóctones americanos e para o alargamento das fronteiras coloniais sob o modelo inicial português de uma expansão integradora de um império.

a expulsão dos jesuítas por iniciativa do Marquês de Pombal fez parte da obra de modernização de um Estado português, que assim pôde se tornar superavitário à medida em que transferia a exploração das drogas do Sertão para o monopólio da Coroa e libertava a mão de obra aborígene da exploração dos religiosos, além do que, a Coroa sistematizou o uso da Língua Geral, otimizando a administração colonial.