O humor da piada reside no fato:

De Joãozinho ter tomado o medicamento em hora errada.

De Joãozinho ter se enganado com o horário do medicamento.

De o médico ter feito a pergunta para Joãozinho.

De Joãozinho ter achado que, tomando o remédio antes do horário solicitado pelo médico, pegaria as bactérias de surpresa.

De as bactérias estarem esperando o remédio às nove horas da manhã.