No que concerne a recursos hídricos, o estado de Sergipe é subdividido nas bacias dos rios São Francisco, Japaratuba, Sergipe, Vaza-Barris, Piauí e Real. Em relação a esse conjunto

a bacia do rio São Francisco é a mais importante do estado de Sergipe e estabelece limite territorial com o estado de Alagoas.

o rio Vaza-Barris nasce no estado de Pernambuco e atravessa Alagoas, desaguando no litoral norte de Sergipe.

a bacia do rio Sergipe banha Aracaju e mais quinze municípios e sofre com impactos provenientes do desvio de suas águas para irrigação.

a bacia hidrográfica do rio Japaratuba é a maior de Sergipe e possui afluentes em Alagoas.