É competência exclusiva da Junta Médica Pericial em Saúde a:

avaliação para fins de isenção de imposto de renda.

readaptação funcional do servidor, por redução da capacidade laboral.

concessão de licença para tratamento de saúde, com afastamento prévio de 90 dias.

avaliação de sanidade mental do servidor, para fins de processo administrativo disciplinar.

avaliação da capacidade laborativa do servidor, por recomendação superior.