As missões desempenharam um papel importante na ocupação territorial do vale amazônico durante o período colonial, mas as disputas entre elas exigiram uma intervenção da Coroa que,

Os mercedários instalaram aldeias missionárias no Baixo Amazonas, tendo como centro Gurupá.

Os capuchinhos ficaram com as missões do Urubu, Anibá, Uatumã e trechos do Baixo Amazonas.

Os carmelitas criaram fundaram missões e fazendas ao longo dos territórios dos rios Negro e Solimões.

Os jesuítas criaram as missões no “Cabo do Norte” (atual Amapá), instalando aldeamentos em Marajó e Norte do Rio Amazonas.

Os franciscanos de Santo Antônio ficaram com o sul do rio Amazonas até a fronteira com as possessões espanholas, abrangendo os rios Tocantins, Xingu e Madeira.