As agências reguladoras têm como características a autonomia funcional, decisória, financeira e administrativa. Apesar das prerrogativas previstas em lei, elas devem seguir algumas

A elaboração de plano estratégico bienal, em consonância com as diretrizes decorrentes da subordinação hierárquica perante o ministério supervisor.

A contratação de dirigentes por meio de procedimento idôneo e formal, respeitada arguição pública no Senado Federal, além de mandato fixo destituível apenas por condenação judicial transitada em julgado.

A adoção de práticas de gestão de riscos e controles internos, bem como elaboração de programa de integridade visando o combate a fraudes e atos de corrupção.

A qualificação como agência reguladora recebida por ministro da justiça, por ato vinculado, desde que apresentado plano de reestruturação e desenvolvimento para a melhoria da gestão.

O estabelecimento de conselho fiscal e administração com composição paritária, constituído por agentes públicos e membros da sociedade civil, vedada remuneração.