O conflito entre a Igreja tradicional e o movimento da Reforma […] acabou dando novo folego à Inquisição, inclusive mudando seus alvos preferidos. (Paulo Miceli, História moderna .

aliou-se às monarquias francesa e inglesa e, em consonância com as novas doutrinárias elaboradas no Concílio de Trento, impôs severa vigilância sobre as missões religiosas que foram fazer o serviço religioso na colonização da América.

colaborou para que as principais decisões da Contrarreforma, como a infabilidade papal, fossem efetivamente seguidas pelos soberanos europeus e abrandou a preocupação com os chamados crimes da carne e os crimes da fé.

deixou de ser dirigida pela Igreja e passou para o controle das monarquias francesa e holandesa, ambas interessadas em combater os opositores ao absolutismo, principalmente aqueles que eram adeptos das novas denominações cristãs, derivadas do luteranismo.

passou a destinar seus tribunais à condenação de sábios, cujas ideias eram consideradas ameaçadoras ao poder da Igreja sobre a produção e circulação de conhecimento e, até então, os perseguidos pela Inquisição eram feiticeiras, magos ou hereges.

perdeu a característica de uma instituição religiosa e passou a atuar sob o absoluto controle da Igreja, que procurou a sua purificação determinando as formas de organização e atuação das ordens religiosas, como os jesuítas e os dominicanos.