Quanto à pontuação observada no texto, é correta a afirmação, segundo a norma-padrão da língua portuguesa:

É possível substituir o travessão no 4° parágrafo (“… o reservatório natural da bactéria – hoje em dia, seres humanos…”) por uma vírgula.

As aspas empregadas no último parágrafo podem ser removidas, sem prejuízo do sentido que o autor do texto pretendeu para seu texto.

Pode-se inserir uma vírgula no 4° parágrafo, assim: “Cepas muito parecidas do micróbio, ainda circulam nas populações de roedores selvagens…”.

As vírgulas empregadas no 1° parágrafo servem para isolar expressões que explicam do que se trata a peste negra e onde fica o Quirguistão.

No trecho “O DNA da bactéria causadora da doença foi identificado nos restos mortais de pessoas enterradas…” (2° parágrafo) é possível incluir uma vírgula após “identificado”.