Estrutura de dados raster refere-se ao método pelo qual os dados raster são codificados e armazenados no computador. Três métodos são comumente utilizados: Cell-by-Cell Encoding, r

O método Cell-by-Cell Encoding fornece a estrutura de dados raster mais simples, onde um raster é armazenado como uma matriz e seus valores de célula são gravados em um arquivo por linha e coluna. Os MDEs usam a estrutura de dados célula por célula porque os valores de elevação dos pixels vizinhos raramente são os mesmos.

Dados raster com muitos valores de célula repetitivos podem ser armazenados de forma mais eficiente, usando o método run-length encoding (RLE), que registra os valores de célula por linha e por grupo. É um método adotado em muitos pacotes SIG para codificação e compactação de dados raster.

O método quadtree usa decomposição recursiva para dividir um raster em uma hierarquia de quadrantes. A decomposição recursiva refere-se a um processo de subdivisão contínua até que cada quadrante em uma quadtree contenha apenas um valor de célula.

Assim como no método run-length encoding, o uso do método Cell-by-Cell Encoding também acarreta redução da quantidade de espaço necessário para armazenamento de dados.

Dentre as vantagens do método quadtree, destacam-se: manipulação rápida de dados porque áreas homogêneas não são divididas; busca mais rápida de dados porque áreas homogêneas maiores são localizadas nos níveis superiores da estrutura.