De acordo com a prefeitura de São João da Urtiga, a história do município se inicia por volta de 1902, quando os primeiros moradores se estabeleceram onde hoje está localizada a ci

A data oficial de criação do município é dia 08 de dezembro de 1987.

O nome do município se deu em homenagem ao santo São João Batista e à grande quantidade da planta urtiga que havia no território.

Uma das principais fontes de renda do município é a agricultura.

Para oficializar a emancipação do município, a população local elegeu a comissão emancipacionista em 1985.

O município pertence ao bioma pampa.