Em “O Conselho, no entanto, tem barrado alguns diplomas que estão sem conformidade com a documentação apresentada no ato do registro.”, o emprego das vírgulas

é obrigatório apenas na primeira ocorrência porque, antes das conjunções adversativas, tais como “no entanto”, “porém” e “mas”, sempre se usa essa pontuação.

é opcional em ambas as ocorrências, pois não se considera longa a conjunção isolada por essa pontuação.

é obrigatório porque a conjunção está deslocada para o meio da primeira oração do período.

seria incorreto se a conjunção fosse deslocada para o final do período.

também está correto antes de “no entanto”, desde que a conjunção esteja escrita com inicial minúscula.