Parte da imprensa, setores governamentais e a opinião pública da época apontaram como causa do conflito a ignorância e o fanatismo da população cabocla, que seguia a orientação do

Apesar dos esforços do governo federal e dos estados de Santa Catarina e Paraná, a atuação do exército brasileiro foi mínima em virtude das suas condições precárias à época e as tropas responsáveis pela rendição dos caboclos foram as da Guarda Nacional.

As comunidades formadas pelos sertanejos não conseguiram obter sucesso nos confrontos com as forças governamentais, sendo massacradas no início do conflito, porém os valores messiânicos e da sociedade ideal permaneceram por muito tempo na mentalidade da população local.

Apesar de a questão territorial ser a que melhor explica o nome dado ao conflito, as causas são muitas, mas com destaque para a insatisfação dos caboclos e agricultores com as condições sociais precárias que foram catalisadas pelo discurso messiânico.

O discurso messiânico foi responsável por agregar seguidores ao conflito e tinha, dentre as suas reivindicações, a defesa republicana e do sufrágio universal, mas com a morte de José Maria, o caráter mítico se esvaziou, fortalecendo a proposta política do movimento.

A guerra se limitou a uma disputa entre os estados do Paraná e de Santa Catarina pela posse do território do Contestado e ao recebimento de impostos oriundos da atuação da madeireira Lumber.