A saída encontrada pelo rei português para manter o controle do território brasileiro, e impedir suas invasões, foi a criação do sistema de capitanias hereditárias ou donatários ,

Garantir a defesa militar contra às invasões estrangeiras, organizar e desenvolver a produção local. Sua tarefa era desenvolver a capitania e proteger dos ataques invasores. A capitania era vista como parte do Império Português e sua exploração econômica seria por meio dos monopólios e das tributações.

Estimular o povoamento da capitania e sua comunicação com as capitanias vizinhas. Tendo como obrigação assegurar fidelidade de seus moradores ao rei.

Inicialmente, foram criadas catorze capitanias em quinze quinhões de terra, doadas a doze capitães donatários.

Com exceção das capitanias de São Vicente e de Pernambuco, nenhuma outra teve tanto sucesso, e algumas capitanias não chegaram a serem desenvolvidas.

O sistema de capitanias hereditárias mostrou-se inviável à proposta do rei de Portugal emergindo outro sistema de colonização: Governo Geral, iniciada na Bahia da Guanabara, tendo como segundo governador Tomé Souza, que desenvolveu o território e limitou-se a comercializar com outras capitanias, desprendendo a Europa de seus interesses, a priori.