A Fortaleza de São José de Macapá foi tombada pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN), em 1950, tendo em vista

a necessidade de estatizar e ocupar o prédio como cadeia pública, sob a proteção da Guarda Territorial.

seu alto valor arquitetônico e histórico, como uma das maiores fortalezas do período colonial e símbolo da ocupação portuguesa na Amazônia.

sua incorporação pelo governo do Território do Amapá como Hospedaria dos Migrantes que chegavam do Nordeste.

sua posição estratégica e sua capacidade logística para sediar o governo do Território do Amapá.

a ameaça representada pela especulação imobiliária e empreendimentos hoteleiros que cobiçavam o terreno da Fortaleza para fins comerciais.