A Reforma Protestante abalou a hegemonia da Igreja católica na Europa que precisou de tomar medidas em vistas de conter o avanço do protestantismo, um movimento que ficou conhecido

Durante o Concílio de Trento, a Igreja reafirmou princípios tomistas como: o livre-arbítrio e o culto aos santos, além de proibir a venda de indulgência e determinar a criação de seminários para a formação de clérigos.

Criação do Índex, o índice de livros proibidos, o fortalecimento do Santo Ofício da Inquisição e supremacia do Papa foi reavaliada e este passou a dividir poder com o padre espanhol jesuíta Ignácio de Loyola.

A supremacia do Papa foi reafirmada durante o Concílio de Trento, assim como o culto à virgem Maria e a crença na predestinação.

Como parte da estratégia de combater os reformadores, O Santo Ofício da Inquisição servia para vigiar, normalizar a fé católica e punir os hereges, porém suas ações se restringiram à Europa, não atuando no Novo Mundo.

A contrarreforma caracterizou-se pela negação da Igreja aos novos valores decorrentes do desenvolvimento do capitalismo mercantil, e ainda pela formação da Companhia de Jesus que fundou instituições de ensino, tornando-se o braço forte da Igreja na expansão da fé durante o período das Grandes Navegações visando combater a colonização do Novo Mundo.