"A necessidade de manter um centro permanente de pesquisa para apoio aos integrantes das sucessivas missões arqueológicas induziu Niède Guidon, apoiada por diversas instituições, a

Suas pesquisas obrigaram os 'pré-historiadores' a reformular teorias tradicionais que consideravam o povoamento pré-histórico da América ter sido feito por meio da Beríngia, em datas não anteriores a 30000 anos antes dos tempos presentes (BP) e estabelecida em torno de 12000 anos BP a chegada do homem na América do Sul.

Em 1994, apresentou uma teoria controversa de que mais bem conservado pedaço de fóssil de o mamífero gigante encontrado no Parque Nacional da Serra da Capivara era, na verdade, material fabricado por mãos humanas para servir como estrutura de moradia rudimentar no pleistoceno.

Niéde Guidon comprovou, em 2010, que as pinturas rupestres da Serra da Capivara foram criadas por uma avançada civilização mesoamericana há apenas 1.200 anos, e não por povos 'pré-históricos' há cerca de 25.000 anos, como se acreditava até então. Essa afirmação contribuiu enormemente para maior esclarecimento sobre as antigas ocupações humanas na região.

Publicou um estudo afirmando que as primeiras civilizações urbanas na América do Sul surgiram na Serra da Capivara há cerca de 6.300 anos, contrariando as evidências arqueológicas anteriores aproximando-se das estimativas bíblicas, que e situam o povoamento terrestre entre 6 mil e 10 mil anos atrás.