Na frase "Descobrirão que, entre os séculos XX e XXI, o planeta foi inundado por desinformação e conceitos fantasiosos", as vírgulas foram utilizadas para:

marcar uma pausa obrigatória no uso do conectivo "que" seguido de orações explicativas.

isolar o adjunto adverbial de tempo "entre os séculos XX e XXI", deslocado para o início da oração subordinada.

indicar uma enumeração dos séculos citados na frase.

separar o conectivo "que" da oração principal para evidenciar uma estrutura de destaque.