A competência da Justiça Federal é definida pela Constituição da República e, não raro, suscita controvérsias em sede doutrinária e jurisprudencial. Acerca do tema, considerando as

a Justiça Federal é competente para as causas em que a Caixa Econômica Federal e o Banco do Brasil figurem como parte, em razão da função social de tais instituições financeiras;

compete à Justiça Federal processar e julgar execução fiscal promovida por conselho de fiscalização profissional;

é da competência da Justiça Federal autorizar o levantamento dos valores relativos ao PIS/PASEP e FGTS, em decorrência do falecimento do titular da conta;

compete à Justiça do Trabalho processar e julgar os feitos relativos à movimentação do FGTS, por se tratar de direito inerente ao contrato de trabalho;

a decisão do juízo federal que exclui da relação processual ente federal pode ser reexaminada no juízo estadual, o qual poderá suscitar conflito negativo de competência ao STJ.