Ainda em 1826, durante a Guerra da Cisplatina, ocorreu uma substituição no comando da Força Naval do Império do Brasil em virtude de o Almirante Rodrigo Lobo, que chefiava as Força

Formada por navios em reparo, foi mantida em Montevidéu e atuava como uma força de reserva, sendo mais tarde também reforçada por navio de países amigos interessados em um possível resultado estratégico positivo decorrente de uma vitória brasileira.

Composta de pequenos navios adequados à navegação fluvial, defendia a Colônia do Sacramento e patrulharia os Rios Uruguai, Negro e Paraná, que formavam a fronteira natural entre as Províncias Unidas do Rio da Prata e a Província Cisplatina, impedindo que as forças de Lavalleja e o Exército argentino fossem supridos desde o território argentino.

Composta de navios mais leves, manobreiros e numerosos, operava no interior do estuário, efetuando um rigoroso bloqueio naval entre a Colônia de Sacramento, Buenos Aires e a Enseada de Barregă, isolando a Esquadra argentina no seu ancoradouro e tentando impedir o abastecimento por mar da capital argentina.

Devia patrulhar a área compreendida entre Maldonado, Montevidéo e Colônia do Sacramento, com foco exclusivo no combate aos navios corsários inimigos, deixando as outras divisões em condições vantajosas de atuar contra a esquadra oponente.

Devia formar a linha exterior do bloqueio, impedindo que navios entrassem no Rio da Prata para abastecer a Argentina e seu Exército, lutando na Cisplatina e tentando capturar os corsários que transitassem pela região.