No período de unificação entre Portugal e Espanha (1580- 1640) o governo espanhol enviou diversos inquisidores para o Brasil, que tinham como um de seus objetivos:

Copilar e redigir livros sobre a variedade religiosa dos povos indígenas.

Condenar os portugueses e europeus que viviam em concubinato com as índias.

Avaliar a banca de padres e aspirantes para que evitassem contato excessivo com o povo.

Perseguir cristãos novos, ou seja, judeus convertidos em cristãos.

Impedir a realização de divórcio entre casais cristãos.