A diversidade amazônica tem sido explicada por hipóteses distintas, entre as quais a teoria dos refúgios, formulada a partir de estudos paleoclimáticos. Essa hipótese sustenta que,

Os refúgios constituíram espaços desprovidos de fauna e flora, configurando áreas de vazio biológico durante as glaciações.

Os refúgios foram responsáveis por dinâmicas de desertificação irreversível, tendo reduzido a diversidade amazônica a patamares mínimos durante o Pleistoceno.

A biodiversidade amazônica resulta exclusivamente de práticas antrópicas milenares, sem relação com condicionantes naturais ou paleoclimáticos.

Os refúgios corresponderam a áreas úmidas preservadas em períodos glaciais, atuando como centros de especiação e endemismo que contribuíram para a diversidade biológica atual.

A teoria dos refúgios foi abandonada pela biogeografia contemporânea, considerada incompatível com evidências recentes de genética e paleoecologia.