A economia de São José se caracteriza por sua diversificação setorial, com destaque para:

Mineração de carvão, siderurgia pesada e produção petroquímica como principais atividades econômicas municipais.

Agricultura de subsistência, pecuária extensiva e silvicultura como base da economia local tradicional.

Setor de serviços tecnológicos, indústria alimentícia e atividades logísticas, aproveitando sua posição estratégica na Grande Florianópolis.

Turismo de massa, hotelaria internacional e entretenimento como únicos pilares da atividade econômica.

Pesca industrial, aquicultura marinha e beneficiamento de frutos do mar como atividades econômicas predominantes.