A ocupação colonial da Amazônia, nos séculos XVII e XVIII, articulou estratégias militares, administrativas, religiosas e econômicas, para afirmar a soberania portuguesa, explorar

Entre 1580-1640, a ocupação militar portuguesa concentrou-se nas regiões de fronteira entre a América Portuguesa e a Espanhola, tal como delimitado pelo Tratado de Tordesilhas, o que retardou a presença lusa na Amazônia.

No século XVIII, para assegurar a posse do território, foram criadas novas unidades político-administrativas, como o Estado do Maranhão, com sede em São Luiz, e o Estado do Grão Pará e Maranhão, com sede em Belém.

Na primeira metade do século XVII, no contexto das ações para garantir a posse e estender o território conquistado pelos portugueses, foram organizadas expedições como a de Francisco de Melo Palheta, subindo o rio Amazonas até Quito, no Peru.

No período colonial, com o objetivo de assegurar a soberania portuguesa, foram construídos fortins nos locais de concentração da população indígena, como os fortes de São João da Barra e o do Príncipe da Beira.

No século XVIII, diversas freguesias foram fundadas a partir de missões e aldeias administradas por missionários, as quais, com a política pombalina, foram elevadas à condição de vilas com denominação de cidades portuguesas.