Entre os aspectos fisiográficos que caracterizam o município de Bonito de Santa Fé, é correto destacar:

solos resultantes de depósitos sedimentares de bacia, com predominância de solos de fertilidade natural elevada, do tipo Latossolo Vermelho-Roxo, de composição argilosa.

solos resultantes da desagregação e decomposição das rochas cristalinas do embasamento, sendo, em sua maioria, do tipo Podizólico Vermelho-Amarelo, de composição areno-argilosa.

formações de relevo planáltico com extensas chapadas de arenito e solo de laterita, caracterizando uma paisagem com drenagem superficial pouco expressiva.

formações de relevo planáltico com presença de rochas areníticas que dão origem a solos do tipo latossolo Vermelho-Amarelo, caracterizando uma paisagem com vales e quedas d’água.