São as maiores ameaças ao Bioma Pantanal nos dias atuais:

a ampliação da agricultura familiar e da pecuária sustentável.

a expansão da apicultura a partir do início do século XXI.

queimadas, desmatamento e assoreamento de rios.

criação de reservas indígenas e comunidades de posseiros.

construção de grandes ferrovias como a Ferrovia Norte-Sul.