O controle interno e o controle externo atuam de forma articulada na fiscalização da administração pública, com competências distintas e relação de cooperação institucional definid

Os servidores do controle interno integram a estrutura administrativa do Tribunal de Contas, com remuneração paga pelo Tribunal e subordinação funcional aos auditores do controle externo do ente.

Os responsáveis pelo controle interno, ao tomarem conhecimento de irregularidade ou ilegalidade na administração, darão ciência ao Tribunal de Contas, sob pena de responsabilidade solidária pelos atos não comunicados.

Os integrantes do controle interno substituem o Tribunal de Contas no julgamento das contas anuais dos administradores, quando o referido Tribunal não se manifestar no prazo previsto na legislação aplicável.

Os agentes do controle interno representam o respectivo Tribunal de Contas perante o órgão fiscalizado, com poderes de instrução de processos administrativos disciplinares contra os servidores envolvidos em irregularidade praticada.