A figura a seguir apresenta dois formatos amplamente utilizados em projetos de geoprocessamento: à esquerda, a estrutura do formato Shapefile; à direita, a estrutura do formato Geo

O Shapefile armazena geometrias e atributos em um único banco de dados relacional com suporte nativo a tipos espaciais, enquanto o GeoPackage utiliza arquivos independentes para cada componente.

Ambos os formatos adotam exclusivamente arquitetura raster, diferenciando-se apenas pelo mecanismo de compressão.

O Shapefile organiza a informação espacial e descritiva em múltiplos arquivos fisicamente distintos, enquanto o GeoPackage integra camadas, geometrias e atributos em um único arquivo estruturado como banco de dados.

O GeoPackage elimina a necessidade de tabelas de atributos, pois incorpora as informações descritivas diretamente na geometria.

O Shapefile é um formato baseado em serviços web interoperáveis, enquanto o GeoPackage é restrito a ambientes proprietários.