Os sistemas operacionais Windows e Linux adotam sistemas de arquivos com arquiteturas distintas, cada um com mecanismos próprios de controle de integridade, permissões e journaling

O sistema de arquivos ext4, utilizado por padrão em distribuições Linux, não suporta journaling, recorrendo ao utilitário fsck como único mecanismo de recuperação após falhas de energia ou desligamento abrupto.

O NTFS utiliza uma estrutura denominada MFT (Master File Table), na qual cada arquivo ou diretório do volume possui ao menos uma entrada descrevendo seus atributos e a localização de seus dados no disco.

No Linux, as permissões de acesso a arquivos no ext4 são gerenciadas exclusivamente por meio de ACLs (Access Control Lists), não sendo suportado o modelo tradicional de permissões por proprietário, grupo e outros.

O comando chkdsk no Windows e o comando tune2fs no Linux são funcionalmente equivalentes, realizando verificação e reparo de inconsistências no sistema de arquivos.

O ext4 utiliza unidades de alocação chamadas clusters, cuja configuração de tamanho é realizada durante a formatação por meio do comando format no terminal Linux.