De acordo com a Constituição Federal de 1988, constitui finalidade do sistema de controle interno:

apoiar o Poder Judiciário no exercício de sua missão institucional.

fiscalizar as contas das empresas públicas de cujo capital social o Poder Público participe, de forma direta ou indireta, nos termos do tratado constitutivo.

fiscalizar a aplicação de quaisquer recursos repassados pelo Poder Público mediante convênio, acordo, ajuste ou outros instrumentos congêneres a outros órgãos públicos.

comprovar a legalidade e avaliar os resultados, quanto à eficácia e eficiência, da gestão orçamentária, financeira e patrimonial nos órgãos e entidades da administração federal, bem como da aplicação de recursos públicos por entidades de direito privado.

apreciar as contas prestadas anualmente pelo responsável pelo Poder Legislativo, mediante parecer prévio que deverá ser elaborado em sessenta dias a contar de seu recebimento.