O desenvolvimento histórico de Ji-Paraná esteve diretamente associado à rede hidrográfica regional, especialmente aos rios que estruturaram fluxos de circulação, atividades extrati

O Rio Machado possui drenagem endorreica e deságua em depressões interiores da Amazônia Meridional.

Os principais cursos d’água municipais possuem regime intermitente, condicionado à escassez de precipitações anuais.

O município integra a bacia amazônica e apresenta drenagem vinculada ao Rio Machado, conhecido localmente como Rio Ji-Paraná.

A hidrografia municipal está vinculada à bacia do Rio São Francisco, em razão da conexão hidroviária estabelecida com o Centro-Oeste brasileiro.