No que concerne à incompetência do juízo, o Código de Processo Penal Militar determina que

a exceção de incompetência deverá ser oposta por escrito, logo após a qualificação do acusado.

o órgão do Ministério Público poderá alegar a incompetência do juízo, antes de oferecer a denúncia.

alegada a incompetência do juízo, será dada vista dos autos à parte contrária, para que diga sobre a arguição, no prazo de 5 (cinco) dias.

o juiz somente poderá reconhecer a existência de causa que o torne incompetente até o recebimento da denúncia.

após a alegação de incompetência do juízo, os autos deverão ser remetidos imediatamente ao Tribunal de Justiça Militar.