No que concerne à prisão em flagrante delito, a Justiça Militar do Estado de São Paulo determina que

são competentes para a lavratura do Auto de Prisão em Flagrante Delito apenas o Comandante do policial e o Oficial de Dia.

o Auto de Prisão em Flagrante Delito deverá ser redigido em única assentada (documento único) e após a sua integral leitura, deverá ser assinado, em todas folhas, pelo condutor, ofendido e testemunhas.

o Auto de Prisão em Flagrante Delito subsidiará as informações a serem registradas no Sistema de Audiência de Custódia (SISTAC), conjuntamente com aquelas obtidas a partir do relato do próprio autuado na audiência de custódia.

se houve necessidade de diligências complementares, o Auto de Prisão em Flagrante Delito original deverá ser remetido diretamente ao Juiz de Direito da 5^a Auditoria Militar dentro de 10 (dez) dias.

após a lavratura do Auto de Prisão em Flagrante Delito a autoridade de polícia judiciária militar deverá obrigatoriamente colher a homologação da autoridade hierarquicamente superior.